光の巨人は一人の地球人と同化し、
異星人や怪獣の侵略から世界を守った。
やがて光の巨人はその役目を終え、自らの故郷へと帰還し、
同化していた地球人はそれまでの記憶を失った。
40年後、ウルトラマンの存在が過去のなった世界。
生まれながらに特殊な力を持った高校生早田進次郎は、
ある日突然、謎の敵に襲われ危機に瀕する。
そんな進次郎の前に彼の父・早田進が現れ、
自分がかつてウルトラマンであったことを告白する。
そして進次郎は秘匿組織<科学特捜隊>の井手から
ウルトラマンスーツを与えられる。
「単刀直入に言おう―
キミにウルトラマンになってもらいたい」